熒光花菁染料是一類有機(jī)功能染料，具有摩爾吸收系數(shù)高、光譜范圍廣、摩爾吸光系數(shù)大、熒光量子產(chǎn)率較高等特性?；ㄝ既玖吓c現(xiàn)有的其它熒光標(biāo)記試劑如羅丹明、熒光素相比更具有優(yōu)越性，花菁染料的類型眾多，發(fā)光分布在350nm到1200nm的區(qū)域中，具有很大的可比性和選擇性。它們與生物分子鍵合后的活性衍生物能同時(shí)測試多種物質(zhì)，有利于簡化操作、降低成本。菁染料具有熒光強(qiáng)度大、光穩(wěn)定性高、靈敏度高、易溶于水等特性，并且用作生物實(shí)驗(yàn)時(shí)具有大的組織穿透能力和對生物組織損傷小等特點(diǎn)。

菁染料的代表物質(zhì)CY3、CY5均是常用于分子標(biāo)記的熒光標(biāo)記試劑，此類物質(zhì)由于熒光強(qiáng)度高、穩(wěn)定性強(qiáng)，廣泛用于蛋白、抗體、核酸及其他生物分子的標(biāo)記和檢測。

同時(shí)，菁染料的最大吸收波長較大，λ的數(shù)值都會超過600 nm，因此，菁染料在近紅外區(qū)應(yīng)用于熒光標(biāo)記效果很理想。同樣，通過引入不同的基團(tuán)，對菁染料的母體結(jié)構(gòu)有很大影響，從而改變菁染料的光譜性質(zhì)。另外，菁染料的熒光量子效率相比其他染料較低。

此外，菁染料（聚甲川菁染料）是一類優(yōu)良的熒光染料，由奇數(shù)個(gè)碳原子組成共振次甲基（甲川基）共軛鏈并被兩個(gè)含氮雜環(huán)封端構(gòu)成的一類共軛有機(jī)小分子體系。

菁染料通常都是疏水，為了增加這類染料的親水性，我們往往會引入強(qiáng)親水性的磺酸基團(tuán)來改善其水溶性，Cy5 NHS ester（疏水性），Sulfo-Cy5 NHS ester（親水性）。

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